在案例一中，國(guó)有公司和物資公司合意提升鋼材價(jià)格、變更鋼材款的結(jié)算支付期限，實(shí)際是因?yàn)閲?guó)有公司未能及時(shí)支付貨款，為了賠償物資公司的損失而對(duì)工程價(jià)款和結(jié)算方式進(jìn)行的變更約定，其實(shí)質(zhì)為關(guān)于損失賠償?shù)募s定，屬于合同履行過程中的正常變更。并不屬于招投標(biāo)過程中的“黑合同”，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定為有效變更，可以作為雙方結(jié)算鋼材款的依據(jù)。

在案例二中，項(xiàng)目公司的股權(quán)結(jié)構(gòu)實(shí)際上不影響股東對(duì)外承擔(dān)有限責(zé)任，而社會(huì)投資人在ppp合同中是約定與項(xiàng)目公司承擔(dān)連帶責(zé)任的。所以項(xiàng)目公司的股權(quán)結(jié)構(gòu)變化，并不會(huì)給社會(huì)投資人和項(xiàng)目公司的法律責(zé)任形成實(shí)質(zhì)性的改變。只要在項(xiàng)目公司的公司治理和決策權(quán)上確保社會(huì)投資人享有決定權(quán)并承擔(dān)全部責(zé)任，即可以保證合同目的的實(shí)現(xiàn)。所以，對(duì)于這種違約行為形成對(duì)原采購(gòu)文件和合同的實(shí)質(zhì)性的違反，雙方經(jīng)過協(xié)商，對(duì)合同原約定進(jìn)行必要的變更，并不適合直接確定為實(shí)質(zhì)性的變更，有些變更也應(yīng)當(dāng)在正當(dāng)變更的范疇內(nèi)。

根據(jù)《合同法》規(guī)定，一般合同變更只要雙方協(xié)商一致，另行簽訂一份建設(shè)工程合同或者補(bǔ)充協(xié)議即可。但就招投標(biāo)的建設(shè)工程而言，根據(jù)《招投標(biāo)法》第四十六條的規(guī)定，雙方進(jìn)行的變更不得背離招投標(biāo)文件和備案合同的實(shí)質(zhì)性內(nèi)容，否則會(huì)被認(rèn)定變更無(wú)效。該條包含了兩層意思：一是建設(shè)工程合同的簽訂應(yīng)當(dāng)依據(jù)招投標(biāo)文件；二是其他協(xié)議的內(nèi)容不得違反建設(shè)工程合同和招投標(biāo)文件的實(shí)質(zhì)性內(nèi)容。

但法律法規(guī)及司法解釋并未對(duì)“背離合同實(shí)質(zhì)性內(nèi)容”作出明確的解釋，司法實(shí)踐中，對(duì)于發(fā)包人與承包人通過補(bǔ)充協(xié)議、會(huì)議紀(jì)要、往來(lái)函件、簽證、聯(lián)系單等洽商記錄形式變更工期、工程價(jià)款、結(jié)算方式以及工程項(xiàng)目性質(zhì)的，到底是屬于當(dāng)事人正當(dāng)變更合同還是變更中標(biāo)合同的實(shí)質(zhì)性內(nèi)容沒有統(tǒng)一的裁判標(biāo)準(zhǔn)。